- 2006年11月10日到2007年1月14日:版本1.0(Jmol版本10.2.0)。
- 11月10日: 7个月的服务之后,没有重大问题出现的版本0.991,所以我认为版本1.0,没有i进一步的变化。
1月14日: 增加
What Is FirstGlance in Jmol? (感谢负责人 Phil的建议.)
- 1月14日: 增加
说明
,分子模型的静态快照 复制到演示文件或文稿。还提到
MolSlides in Jmol.新的说明都连接到底部帮助选项。
2006年5月10日: 版本 0.991 (与Jmol applet 版本10.2.0).
- 非标准残基
的显示被默认为是十字架 ("stars" Jmol中的命令语言)。十字架在更多视野..与配体模式可以别隐藏。这一变化是依据重要信息没有丢失。选择十字架是因为他们没有更多的注意力在骨干模型中显示过多的非标准残基,例如1EVV.
例子:
1EVV,
1BKX.
为隐藏..和中心原子..提供了新的退出按钮,取代了之前的退出连接。在主页,输入一个PDB码后回车(增加了一个点击按钮)可以查看分子模型。修正了在第一次点击分子操作时,无法识别原子的报告显示错误,在分子的左下角。修正了苹果Safari浏览器再有在最新JAVA跟新的情况下,才会产生原子鉴定报告的错误。该错误导致 Safari 窗口突然消失。修正了几个导致PDB码无法显示的错误,在背景颜色改变,分子的左上角。
- 轻微的改进/更正说明。
2006年5月3日:版本 0.99 (与 Jmol applet 版本 10.2.0).
- 联系..是一个展示任何“目标成分的新选项,这是在点击分子时被选择,或是新的的查找..选项(见下项)。目标有用的联系原子的4点看法,与详述。非键合原子间的
距离可以测量。可以显示氢原子(如果模型中存在。7种非共价键可以相互独立的显示或隐藏。查找..是一个新的选项,使用原子周围光晕来指定序列号,3字母缩写残基,或元素名称。所有浏览模式晕都可以见。提供新的 快照画廊。更多视野.. 有一个新的显示所有盐桥和PI轨道阳离子相互作用的选项。独立的标准氨基酸和核苷酸,以前的版本“骨干”显示是无形的, 现在spacefilled初步意见, 并且包括配体+(更多..)。这些选择可能会成为新的Jmol命令,“连接”
(更多..)。在一些PDB文件中,可以执行单一隐藏和选择单一匿名链的操作,并带有链名称(如2HHD中的血红素)。这在新的联系..目标选择界面是重要的,并且改善了以前版本的隐藏..功能。在隐藏..界面增加了隐藏氢.
这使得配体或非标准残基整洁 (如:
1AL4 有氢对)。有一个重置连接,可以重启会议的初步意见,和最初设置。毫无疑问,我忽略的一些东西,需要重置。坐标中的缺口,比起序列明确,能够使用新的文件定位,有王和Dunbrack提供的 "SEQRES to Coordinates"。
按钮用来接入序列和缺口帮助,和连接到S2C增加主要控制选项,接着是 PQS, PDB, 和OCA按钮。大多数连接在 pop-up 帮助 ,在鼠标停留几秒后显示。 在平板处理好时,无法产生Jmol原子鉴定报告。选择按需(联系..,隐藏..)要点击,平板被强制关闭。在平板还在时,悬停鉴定报告改为“对不起..”讯息。现在,板厚度可以被控制(3步骤)。"糖"的定义被大大改进("隐藏糖水化合物“复选框)。少见的
反常原子
不在是不显示,而是显示为点。隐藏原子列出的成分,是序列号和链而不是按序号(序号在内部使用)。
未来的互动序列表规格已制定。跟新帮助文件,包括
和
已知未解决的问题。增加了选择匿名链的
技术信息。一个新的 Jmol错误和局限性
列表,总和这些信息并放在其他FirstGlance 文件,并隐藏它的 javascript/Jmol脚本代码。N->C 彩虹帮助现在加入了光谱彩色序列。在主页,增加了一个新 "图标"。mmCIF 格式的原子坐标文件可以代替PDB格式文件,可以从主页使用新的高级操作。CIF文件可能在 FirstGlance中无法正常工作。 CIF提供仅用于测试目的,见 CIF初步意见。
- 错误修正: The axes, 晶胞,和 boundbox复选框,在FGiJ 0.98版本的更多视野..模式下,使用Gecko浏览器不会正常工作。
2006年3月13日:版本 0.98 (与 Jmol applet版本 10.00.48).
- 感谢
PDB 文件可以上传并在FirstGlance in Jmol中显示。在主页中有一个新的操作用来上传。像插入这样一个上传到任何网页的接口
。增加一个新的浏览操作 隐藏.. 可以隐藏点击过的链,残基/组,或原子;或全部的蛋白质,DNA,RNA,或碳水化合物。被隐藏掉的部分在其他模式中任然被隐藏,直到你取消隐藏。增加一个 PQS "按钮" 用来控制 (左上角,在PDB 和 OCA 按钮附近)。
更多视野.. 现在包括一个新的质量评价选项,带有 "色温"
(感谢 Gale Rhodes)
和到MolProbity的连接。更多视野.. 现在包括显示轴,晶胞或键的复选框。更多视野...包括一个到可视化偶极矩在Jmol的连接。增加 1IGT (抗体)到分子画廊,提供一个多环二硫物和链内外都有二硫键的例子。修正了Vines..中的错误,,隐藏侧链不能隐藏中核酸的错误。棒子被添加到 镜像站点列表。
- 使用浏览器框架的高级操作被中止。
2006年2月2日到12日: 版本 0.97 (与 Jmol applet 版本 10.00.48).
- 现在,PDB码(或文件名)的第一个字母在
FirstGlance窗口的标题中。这使得容易区分窗口显示的分子来自其他,还是来自主页,显示一个分子可以来自任何服务器(在输入一个PDB编号后)。
配体+现在被展示在默认的初步浏览。配体的定义已经改变为不包括大多数的氨基酸和核苷酸。当点击配体+按钮或者
在更多视野.. (新,见下文),
帮助选项包括一个显示非标准残基的复选框。配体和非标准残基的区别有时是错误的。
注释 中,增加了这些定义的解释,并且有此类问题的举例文件。
二硫键 在初始显示中被显示,
在所有的骨干浏览中,和在Vines..中,有说明二硫键和非标准残基的的新条目加入到 画廊 中。
骨干不再会被非标准残基和核苷酸打断.。(以前,这都显示为配体,打断了骨干。) 更多信息, 见新的
t非标准残基说明。在Vines.. 显示,现在有新的复选框(在帮助选项)如下:
- H藏侧链
。显示更多细节: 所有无水原子
- 隐藏氢。
在配体+ 显示中,
现在有新的显示(在帮助栏)较小配体+原子的复选框。当显示水的时候,有新的显示(在帮助栏)较小水原子的复选框。有些情况下,鼠标悬停原子定义报告不会在 OSX 10.3.9 (但 10.4中和
Windows中可以)中正常工作。 因此,在Jmol左下角 点击一个原子定义它,并且在浏览器运行状态。Jmol请求执行
pickCallback()的报告,或许在一些浏览器中无法正常工作。 在这些报告中任存在一个报告问题。打它工作的时候,该报告任在。原子定义请求点击使用中心机制中的变化。 当前,所有的中心连接都被改变为中心原子。所有连接到中心的帮助。
- 单一的点击的中心后关闭中心是不可能的,因为在"采集中西"模式, Jmol版本 10.00.46没用把pickCallback(). 用做 "center atomno="代替 "set picking" 可以避免这一点,当它造成不必要的变化。
- 中心被关闭前使用者按下一些浏览连接或按钮时,自动关闭中心是很复杂的。这是被证实的。
当背景颜色改变后,显示在Jmol左上角的PDB码会自动改变。(此之前,它任是黑色的,在黑色背景中无形。)
已知未解觉的问题 进行了修订,并且为了未来的加强制定了执行计划。
几个
镜像站点 现在上市。
更多视野.. 左上角的帮助栏加入了一个新的连接。 原先的帮助介绍已经被移动到新的帮助选项,并且被扩大。这有新的关于角度和距离测量的信息,或打开Jmol脚本命令。在 FirstGlance,距离报告中,距离单位默认为 Ångstroms (Jmol默认为 纳米,很少有结构蛋白科学家使用)。到 Protein Explorer的连接,原在左上角控制面板,已经被移动更多视野... 帮助选项。
Structure Explorer不再使用 pdb.org. 连接前的名称已被改为一个PDB图片。旁边的 PDB 连接, 添加了一个到 OCA
Browser 的图片连接。修正了在颜色控制中,电荷阳离子/阴离子色彩扭转错误。(这些色彩在分子浏览中从未扭转)修正了在组成浏览中,溶剂和陪色彩扭转错误。 (感谢Frieda Reichsman指出这个错误。)测试了书十个可能引起问题的PDB文件,记录结果。见 About FirstGlance底部的连接。在Jmol中(版本10.00.48),钙离子被认为是“蛋白质”。其他金属似乎是正确视为"hetero"和"配体"
(至少包括 Fe, K, Mg, Mn, Mo, Na, Zn, Cd)。FirstGlance 的脚本命令修改了钙的特殊情况,使它显示为"配体+(2006年2月4日实施)。
- 很少, Jmol会把标准氨基酸错误的认为是蛋白质。因此
, Jmol认为的 "蛋白质"是扩大到包括20中氨基酸加上原子,也包括非标准残基的杂原子。
例子。虽然在骨干显示中无法连接这些氨基酸的α 碳,他们显示特别来避免链的这些部分是无形的。一个例子是 1AL4。
- 很少,Jmol会在该出现共价的地方不显示共价键。像这类原子在线框(坚持)渲染是不可见的,在 Vines 显示中会正常渲染,这是为了显示所有的非水原子。因此,在Vines中, 所有非水原子被显示为线框 (或骨干)。 spacefill的直径同样如线框 (或骨干); 因此,当成键时,spacefilled原子是用棒(或骨干)隐藏的。当不成键时,他们是可见的小领域。许多无键原子的例子如
1AL4和 2SOC。
给开人员的技术信息底部额外添加了信息。
- 添加了一个自由的
访问计数器 ,sitemeter.com提供。点击后计数
(在请求开始底部有 "请耐心等待") ,一张世界地图显示访问者的地点,以及访问者使用浏览器和平台,除其他有用的信息。
2005年11月 26日: 版本 0.96 (及Jmol 程序版本 10.00.43)。变更永久网址 firstglance.jmol.org。提供
源代码下载 给服务器安装或增进开发,及新的installation说明和
PDB 数据文件接入方法.。补充 已知未解觉问题说明。修正技术画廊 不能使用高级选项的错误。
2005年11月19日: 版本 0.95.重新定到 molvis.sdsc.edu提供快书PDB文件下载。执行机制载入到PDB文件
。分离服务器配置变量放入 config.js文件。
2005年10月10日: 重新定向 bioinformatics.org
到 firstglance.bioinformatics.org (一个不同的物理服务器) 已提高小程序下载速度。
- 2005年10月3日:版本 0.9. 能够从PDB编码导入, 并且和 PDB文件捆绑 (2 in localPDBFiles),而不是从任意的 URL。
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