计划的特点(尚未实施)
- 提供翻译为西班牙语和其他语言
- 提供一个可点击序列的菜单,这不是一个小项目(见规格)
- 显示 可替代的侧链的位置(例如:
3OVO, 5HVP, 9INS)
- 提供你的建议请使用反馈连接
已知的未解决的问题
JMOL脚本问题 (Jmol 通过10.00.48)
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参考单独的JMOL缺陷页面。
- 快速点击两个按钮或连接,第二个按钮没有反应。(解决方法:两个连接或按钮之间隔几秒点击,或再次点击后一个连接或按钮 。)
- 非常大的PDB文件可能无法显示 (
更多..).
即使显示,查看FirstGlance连接可能无法正常运作(见技术页面SV40的首个例子)。
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非标准残留基有时不能被识别,而是把他们显示为配体,这是不固定的。
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偶尔,Jmol把标准氨基酸认为是“蛋白质” 。我们已经知道(复杂的)蛋白是由20种标准氨基酸组成的了 。例如,1AL4蛋白
蛋白的1-3残基的成分,疏水性/极性,带电情况。但是,我们不能显示他们的骨架模型。 聊胜于无,我们已经能够显示骨架模型中的α-碳领域(例如,在1AL4) 。为了避免打不部分情况下有些原子不可见,FG认为异常原子 ,并初始化显示为一个点。这个问题的解决正在进展中,更多..其他的缺陷。
- 偶尔Jmol无法连接那些本应以共价键相连的原子。戏剧性的例子是在Vines.. 中显示1AL4时的色氨酸侧链和1AL4的几种其他氨基酸 。又见Bugs 。
- JMOL中的又一个缺陷,在显示1H3O中的THR918.N ,把他错误的显示成氧原子并且颜色也显示成氧原子的颜色。 更多..又见缺陷。
FirstGlance代码中的问题。
- 在第一次显示的时候,如果先前的帮助面板是滚动到下面的那么会看不到新帮助面板的顶部。如果你知道如何使文字区域回到顶端,请给予我们启示(反馈以下链接) 。另一方面,当点击帮助文件中的具有多个选项的复选框时,帮助文件会重新显示 。如果在每次点击之后并没有回到顶端是更加方便的。
- 在画廊中的4CPA ,同时包含命名的,和未命名的蛋白链。这可能是非法的PDB格式,也是罕见的(也许是独一无二的) 。.但是这却使FG接口中的‘点击并选择’中联系..和隐藏..变得不正常(许多PDB文件包含了一个未命名链。如果有未命名的单链,FG把它当作是被点击了的没有链名的标准残基来处理。 )
请报告程序中的上面没有提到的不正常的行为到
请务必包括PDB编号!