易用。
FirstGlance in Jmol 适用于各种计算机平台以及主流的浏览器，轻轻一点，便可对分子进行观察，不需要安装任何插件。
RCSB 蛋白数据库提供的几个基于Java程序也具有上述特性；但这些程序缺乏易用性，不能像FirstGlance in Jmol那样自动显示内容相关的帮助和关键着色，一键显示分子的选项提供得也较少。基于Jmol的FirstGlance使用显眼的标签，尽量避免晶体学术语与行话，而后者常被其它软件使用。FirstGlance的控制面板还具有其它软件所缺乏的解释性的提示。此外，大部分术语（例如”金属”、“糖”、“非标准残基”等）在FirstGlance in Jmol 中都有仔细定义，而这在其它分子浏览软件中是不定义的。
功能强大。其它任何软都不能象FirstGlance in Jmol中的邻接分析..对话框那样方便地显示任意部位的所有非共价作用。
当然，RCSB提供的基于Java的分子结构浏览器除了上述不足外，也有它的独到之处：
QuickPDB有着很好的序列-结构的界面。首先，QuickPDB显示单字母序，当你指向（不是点击）某个残基的时候，它会在3D视图中标记出这个残基；而目前在FirstGlance in Jmol中还不能显示出序列，但是你可以通过在“查找..“对话框中输入序列号或序号起止范围在3D视图中显示某残基或者是某段残基。此外，FGiJ提供基于PDB码指向RCSB来获取序列的链接，也能通过”空位“链接，转到Wang和Dunbrack的S2C数据库以确定相应PDB文件中SEQRES与坐标记录间的差异。但是QuickPDB到2006年末仍不能核酸序列。
WebMol能点绘表面，包括孔洞表面的点绘（点绘表面后的整个分子旋转很慢；FirstGlance in Jmol缺乏孔洞视图）。它有很好的能交互的距离矩阵和拉氏图显示。但是，要运行时WebMol需要确认一个无效的数字签名。象Rasmol一样，WebMol的初始视图是没多少信息含量的线框模型。指到某个残基时只能显示氨基酸残基，不能显示核苷酸残基。WebMol用未经平滑处理的细线表示主链，没有提供飘带视图。
KiNG（Kinemage New Generation，新一代动图）有其独到的特色应用，例如MolProbity服务器用它来显示残基之间的范德华碰撞（clash）。过多的独僻之处，限制了KiNG在初学者一般性观察中的使用。
图片质量
。FirstGlance in Jmol的图像质量比RCSB 蛋白数据库提供的其它任何基于网络浏览器与Java的内嵌分子图形软件都要好。但是，它并不能象PyMol或者是蛋白工坊（Protein Workshop）等独立应用程序那样能够提供“出版质量”的图像。
蛋白工坊虽然也来自RCSB蛋白数据库，却是一个独立的Java应用程序（并不是在网络浏览器中查看）。2006年末测试时，蛋白工坊在旋转一个普通大小的蛋白质时慢得令人无法接受，尽管如此，与FirstGlance in Jmol相比，它能产生更为漂亮的图像。
分子来自哪里？FirstGlance in Jmol显示的分子，其原子坐标
PDB文件通常来自PDB美国站点。PDB免费提供所有已发表的大分子三维结构数据。如果要显示功能性生物组装（特异寡聚体）、理论模型或其它PDB没有提供的数据，FirstGlance in Jmol可通过任何网络服务器获取分子的PDB文件（更多..）。
它是如何工作的？
技术上讲，FirstGlance in Jmol 是Java 小程序版Jmol的一个用户界面。
FirstGlance in Jmol 是用javascript和HTML写成的，Jmol是用Java编写的。FirstGlance in Jmol是为没有时间去学习Jmol的命令或者是不知怎样把Jmol嵌入网页中的人编写的。Jmol是由其本身的开源团队开发的。Firstglance in Jmol大部分是由Eric Martz（也是蛋白浏览器的作者）编写的，但是其他人也可以参与进来，因为这是一个开源项目。Jmol采用GNU的LGPL协议，而FirstGlance in Jmol用的是知识共享署名许可（Creative Commons Attribution license）。