缩影画廊
for FirstGlance in Jmol


通过对来自FirstGlance in Jmol的缩影画的观察， 你会对它能做什么有一个概况. 点击任何一个 四字PDB识别码 (例如 1D66) 都会帮助你对FirstGlance里的这个分子的了解。

每点击一下鼠标，会看到下面三张画的的一个视角 .
当真正用FirstGlance时, 分子视觉会更大 .

Gal4 transcriptional regulator (只和DNA结合的区域)链接到DNA (1D66)的起始视图(卡通 加上 Ligands+). 每个链上是一种不同的颜色.
有alpha螺旋的Gal4的二级结构 视图像“火箭”(1D66)一样， 与另外一个有beta 折叠的分子相比.

Gal4的N->C 彩虹视图:DNA表现为 5'端氨基 和 3'端碳基 界标. (1D66).
Gal4组成视图:DNA表明 蛋白质, DNA, 和 水 (1D66).


Gal4疏水/极性视图:DNA表明 疏水 和表面的 极性残基. (1D66).
Gal4电荷视图:DNA表明 疏水, 极性不带电荷, Cationic (+), Anionic (-), 和表面的 重要原子 . (1D66).
在藤蔓..视角上原子细节是有用的. 那些切片.. 选择(没有被描述)隐藏 原子并非有目的的. (1D66).


链状球菌的 蛋白质G (1PDB)的二级结构 视图包含了 β-链, α-螺旋 和 螺旋.


开始邻接..模式
这些邻接.. FirstGlance产生下列视图的工具.
下面的这些映射比用FirstGlance时真正的视图要小得多.

邻接..使你能够看见链 (每一种不同的颜色)怎样互相接触. (点击一下就会认可.) 你能随意的选择一个目标(通过点击链,组,或原子) 为了显示与之邻接的假定的非共价键. (1D66)
点击一个蛋白质链(绿色)把它作为对于每个原子有个黑星号 (插入时可放大)的目标. (双击可得到 1D66 视图.)
只有与绿色的目标链有邻接的原子现在才显示. (3击可得到视图; 1D66). 这些邻接可以显示非常详细,在七个不同种类的子集的非共价键, 如下所示.


邻接 1: 非水 氢键. (定义.) 如左图,目标Gal4蛋白质原子(更大的球，底部，用标记白色星号)与DNA原子(相对小的球,顶部)的氢键的距离被显示出来.这些氢键是基地的一些特殊序列. 由Gal4,CGG(在E链上)识别的DNA序列,在这里可以可视化. 用棍子夸大的表示蛋白质里原子间的氢键,全部如此显示. (6击得到 1D66 视图, 加上每次距离测量的额外的双击.)

双击原子得到距离或角度. 更多..
在此视图(和以下视图),原子被元素标记颜色:

C H O N S P
(更多元素..)


1D66的邻接 2 视图: 对水的假定氢键. (定义.)
1D66的邻接 3视图: 假定的 水 桥, 氢键对水的一个子集. 一个来自1D66假定的水桥如上所示. (定义.)
点击任何原子在分子左下角显示它的特性,如上图所示. ("NH2"意思是 Nitrogen, Eta2. 更多..)


1D66的邻接 4视图: 范德华力(疏水)相互作用. (定义.) 在这，目标链原子被空间填满到范德华范围, 然而联系的原子时小球.
联系 5: 蛋白质盐桥. (定义.)
1BL8的邻接 6视图: 蛋白质pi轨道阳离子的相互作用. (定义.)


邻接 7: 金属与各类键作用. 这是显示血红素中的 铁原子 的相互作用(从 2HHD). (定义.)


开始 隐藏..,搜索.. 模式


这种钾通道 (1BL8) 是一个 homotetramer (4个相同的链). 点击 邻接..可得到这个视图.
这里, 隐藏..FirstGlance的交流已经被用于隐藏前面两个链(3个额外的点击).现在我们能看到三个钾离子和一个水分子. (1BL8的视图).
疏水/极性表示这个分子表面大多数疏水(灰色),与它的跨膜位置一致. (1点击可得到 1BL8视图 .) 与 Gal4中同一视图相比.
搜索..FirstGlance 的交流被用于找出所有色氨酸残基 (黄色云). 明显地, 他们位于油脂与水得边界. (2点击加上键入"TRP"可得到 1BL8 的视图.)


开始结构生物信息学资源模式

FirstGlance对于结构生物信息学的服务器和资源有许多的链接.
最重要之一是对Probable Quaternary Structure的链接:

这是 1K28， 通过左端的难以置信的折叠, 暗示了在这个模型中有一些链缺失了, (不对称的单元). (单击可查看.) 		在蛋白质结晶中这个模型有可能已经和更多的链形成了特殊的寡聚糖? 通过浏览 欧洲的生物信息学协会的Probable Quaternary Structure (PQS) 服务器可以得到答案.

在FirstGlance中,只需点击

事实上,PQS报告说,分子是作为六聚体存在于晶体中， 而不是二聚体. 六聚体是由三个二聚体对称排列形成的. PQS中一个对FirstGlance的链接显示了上面的特殊的寡聚糖.
这个惊人的分子机器是什么?想要知道, 查看 FirstGlance中的 1K28 , 并且点击 或者 .

晶体模型往往有部分丢失 -- 晶体中这些区域分子是混乱的("模糊的"). 想要知道, 在FirstGlance中, 点击 . 在不对称的单位中几乎有50个氨基酸丢失(也就是特定的六聚糖中有150个氨基酸丢失)!

除以上提到的结构生物信息学资源之外, FirstGlance提供链接到 更多的视图..,对:
  • 在MolProbity服务器中，对所有原子联络分析的模型的质量进行评估。
  • 在CaPTURE服务器中的积极重要的pi轨道阳离子相互作用的名单.
  • Jmol控制台和命令语言.
  • Protein Explorer: 与FirstGlance in Jmol相比，为初学者提供更多的信息，为高级用户提供更多的权限.
  • 保持与ConSurf服务器的形象发展.
  • 更多.


开始更多视图.. 模式


在FirstGlance内, 更多视图.. 在分子中提供了所有蛋白质盐桥的显示.这里,显示了 1B07 中SH3区域里的所有盐桥. (双击可查看视图.)
当链上同一视点被上色,很容易看到盐桥之一在两条链之间. (另外1点击可查看视图.)
同一的交流显示了整个分子中所有蛋白质pi轨道阳离子间相互作用 . (双击可查看视图.)


更多视图.. 对加亮(以球和棍子代表) 非标准氨基酸或核苷酸用一个复选框.这里, phospho-serine (SEP)在 1BKX中被显示 (双击可查看视图.)
更多视图.. 也提供了由不确定性 (晶体"温度"或者"B 因素")对分子的上色. 在Gal4中红色原子的位置:上面的DNA模型有最少的确定性 . (3击可查看 1D66 的视图.)
更多视图.. 也提供了显示原子的坐标轴 ,晶胞,或者键角 (任何组合). 在上面,三个全部为Gal4显示:DNA (1D66). (4击可查看视图.)

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