问题
不属于一条多肽或多核苷酸链的游离的标准氨基酸或核苷酸，在仅显示主链（如卡通、二级结构、N->C虹彩等模式及隐藏侧链的藤蔓模式）的情况下不能显示。这是因为主链是通过连接分子链的α碳原子或磷原子勾画出的。如果在一个“分子链”中仅有一个这样的原子，自然就无甚可连，于是也就无法显示游离氨基酸或核苷酸的“主链”了。
例子：在1BKX中，腺苷A351:B与蛋白质结合。尽管这个标准残基未被磷酸化，也被正确缩写为A而被Jmol归入RNA中；但是，在仅显示主链的情况下，这个重要的残基是不可见的。另一个例子是4CPA中的GLY1:G残基，它是一个与蛋白结合的游离甘氨酸。
多数非标准残基及绝大多数配体都不会被Jmol判断为蛋白质、DNA或RNA。通过选择“非（蛋白、核酸、水分子）”和填充模式很容易把他们显示出来。但是，这种方法对上述例子中的腺苷仍然无效（一目了然0.98及以前版本。译者注：我们的中文镜像基于FG1.0版，已解决上述问题）。
核酸主链主要通过连接磷原子而得到。但是，标准的多核苷酸链开头是5'羟基。因此，5'端缺乏磷原子。Jmol通过延长主链线来纳入O5*末端。例如，在1d66中，DNA链5'端（C1:D和C20:E）没有磷原子，但能够在只显示主链的情况下显示出来。
解决方案
在默认及所有显示主链的模式中，用填充模式来显示游离的标准残基（或缺失特定原子的标准残基）。由于Jmol 10.2引入了“连接”这个新命令，能够选择与特定原子共价链接的原子，因此前述解决方案变得可行。
用一段名为defineBackboneInvisibleSpt（见scripts.js文件）的脚本，选择在FG默认模式中可能不可见（otherwise-invisible）的残基。该脚本把它们纳入Jmol中的~backbone_invisible。这些可能不可见的残基被排除在“蛋白”（见scripts.js中proteinSpt的定义）之外，而被纳入“配体+”（见scripts.js中ligandSpt的定义）之中。
以下是使用Jmol“连接”命令的一个例子。它选择含有主链氮原子的氨基酸，但所选氮原子并不与主链碳原子形成肽键。因为*.N和*.C原子始终是被α碳原子（*.CA）分隔开的，所以在一个氨基酸内*.N不会直接与*.C原子共价链接。因此，如果.N原子与.C原子成键，含.N的氨基酸一定是与另一个含.C原子的氨基酸形成了肽键。
select (protein and *.n) and not connected(*.c);
实例测试
在描述上述问题时，一些已发布的PDB文件被用作例子。
1B07中有一个组氨酸（HIS），使用了一个单独的分子链名而不是它共价链接的那个分子链名。因为它与另一氨基酸有共价链接，这个“单残基链”没有被包括在“配体+”中，在初始默认视图中被用另一种颜色显示，仿佛长了一个尾巴似的。
我们根据1d66.pdb，人工创建了一套例子以便验证。其结果bb-invis.pdb已打包到一目了然中，包括:
|
蛋白质
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残基 |
描述 |
.N |
.C |
检测为* |
|
GLU8:A |
游离氨基酸 |
未与.C成键 |
未与.N成键 |
~unchained_aas |
|
ALA10:A |
游离氨基酸 |
缺失 |
未与.N成键 |
~unbondable_aas (注1) |
|
ASP12:A |
游离氨基酸 |
未与.C成键 |
缺失 |
~unbondable_aas (注1) |
|
CYS14:A |
游离氨基酸,
α碳原子缺失 |
未与.C成键 |
未与.N成键 |
~nobackbone_aas (注1) |
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LYS17-LYS18:A |
二肽 |
n/a |
n/a |
（显示了主链） |
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核酸
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| 残基 |
描述 |
.P |
.O3* |
检测为* |
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C1:D |
游离DNA残基，未磷酸化 |
缺失 |
未与.P成键 |
~hydroxy_unchained_nucs |
|
G3:D |
游离DNA残基，磷酸化 |
未与.O3*成键 |
未与.P成键 |
~unchained_nucs |
|
A5:D |
游离DNA残基，磷酸化 |
未与.O3*成键 |
缺失 |
非"DNA" |
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G7-A8:D |
二脱氧核糖核酸，都磷酸化 |
n/a |
n/a |
（显示了主链） |
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G10-A11:D |
二脱氧核糖核酸，5'未磷酸化 |
n/a |
n/a |
（显示了主链） |
* 波浪号(~)开头的术语由scripts.js中的defineInvisibleBackboneSpt在Jmol中定义。
注1: 这种氨基酸不会被Jmol判断为“蛋白质”。但是，FG并不依赖Jmol预定义的原子集“蛋白质”，因为它有时甚至不能把标准氨基酸包括在内（见Jmol命令脚本问题选辑）。所以，FG在scripts.js中用脚本proteinSpt来纳入蛋白质或20种标准氨基酸。因此，一个氨基酸不被Jmol判别为“蛋白质”，其信息不适用于FG。 因此，FG需要额外的测试以确定标准氨基酸是否含有.CA、.C及.N。 这些测试包含在scripts.js的defineInvisibleBackboneSpt中。
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