互动序列表规格
FirstGlance in Jmol (FG)
创建2006年3月26日。 修订06年3月30号，感谢弗丽达Reichsman和Jaime Prilusky的反馈 。

这是一个实施前的提议草案。 请分享您的想法，建议和额外例子

A.序列表的功能

序列表的目的在FG中是使其可以方便地联系序列的三维结构到FG应用中。 因此，表应该保持非常简单。 序列的注释，如二级结构或序列模序可在其他数据库见到，不需要显示在FG序列表中。
  1. 该序列表将显示在FG的左下部 。
  2. 残基将列在一个字母代码 ， 用 X表示非标准残基。
  3. 一个氨基酸的一个字母代码将显示其链名 ，原子序号 （和当存在时的插入代码）和3个字母代码。
  4. 序列->3D：点击一个字母代码的一个残基，将在Jmol的3D视图中着重标记 。 或者，残渣可自动把前面的分子（旋转分子） ，滑到中心，并且缩放。
  5. 3D->序列：单击一个残留的3D视图将在序列表中突出它。


    以下是可选的 ， 不必在初始发行
  1. 输入一个序列片段将在序列表中突出任何匹配上的位置。
  2. 输入残基名称 （如PRO或CYS或A或U ）将突出其在序列表中的的位置。
  3. 自动着色序列表，根据3D视图中的配色方案。 这将适用于所有的意见：

      • 二级结构
      • 卡通，斯瓦因斯（颜色链）
      • N->C彩虹
      • 组成
      • 疏水性/极性
      • 电荷
      • 联系（联系突出的残基）
B. 内容与格式的序列表
  1. 将有一个单一的序列表来自原子记录 （残基缺乏坐标取自SEQRES ） 。 SEQRES残基不会被单独列出，但排列SEQRES和ATOM之间的差异将被记录在单一的名单，详列如下。
    • 见以下例子为1QKZ :L.

  2. 非标准残基将被列为X（小写） 。谈到了X，将显示其1-3字母原子记录缩写代码的形式插槽。
      • 2SOC （核磁共振）有DPN， DTR ，THO。 它的罗列将是xCFxKTCx 。
      • 1BKX ： A有TPO197和SEP338 。
      • 1AL4有D氨基酸DLE， DVA ，ETA等
      • 1EVV有许多非标准核苷酸。

  3. 序列号将是那些在原子记录中的。 因此，一些罗列的将开始于负，零个或2或更高的序列号。
      • 2FSR始于-9 ，跳过-2通过3 ，和恢复4 。
      • 1D5T ：A始于-2和跳过0 。
      • 1AVQ ：A始于-1和包括0 。
      • 1BXW ：A始于0 。
      • 1UCY ：K始于16 ;
      • 163D ：A始于43 ;

        此外，有些物品将依次编号，或在大型间断编号。
        • ?1NSA包含一个（未命名）蛋白链序列第7A - 95A号后继为4-308 。
        • 1IAO ： B包含（在本命令） 1S ， 323P - 334P ， 6-94 ， 94A， 95-188 ，1T ， 2T。


  4. 插入的残基将与其他残基列在网上，但以他们的一个字母代码显示为上标字母来区分。
    • 见以下例子为1QKZ ：L。
    • 1UCY ：左旋始于8个插入残基围相反的字母顺序，并有13个插入残基接近尾部。 其他链同样有许多插入。

  5. 当有号码的差距 （由于根据参考序列编号） ，但没有残基缺少三维结构（ SEQRES和ATOM记录匹配），间距的位置将通过两个连字符围绕一个数字被指出证明间距的尺寸，例如： -1 - -2 - ， -3 - ， -23 - ，等等。
    • 见以下例子为1QKZ :L。
    • 1IGT ： B有23个这样的差距，例如以下97 ， 130 ， 154 ， 157等。
    • 163D ：A（ RNA ）随58之后有一个间距。

  6. 当在在三维模型中有物理差距（SEQRES中的残基没有存在与原子记录，通常是由于晶体障碍） ，没有调节的残基将列为小写 。 在谈到这种残基时将报告插值序列号 。点击此类残基将产生一个消息，说明残基缺乏协调。
    • 见以下例子为1QKZ :L。
    • 2ACE有前导，嵌入式，和物理差距落后。

  7. 当有序列微混杂（在Atom记录中的残疾没有存在于SEQRES ） ，替代残基在同一序列位置将被用方括号括起来.
    • 例如，在1CBN ，残基开始于20号，将代表... GT[PS]EA.... 在22位，PRO和Ser为替代残留。
    • 1AL4和1ETA有序列微混杂。
    • 更多关于序列为混杂。序列微混杂在PDB中似乎是十分罕见，但我还没有找到确切的网站的搜索战略。

    以下是可选的 ， 不必在初始发行。

  8. 复选框突出残基失踪原子 。 例如，一些晶体的结果有某些氨基酸德α和β碳原子，但缺乏其他的侧链。.
    • （ @ @例子需要）

  9. 复选框突出残基与候补侧链结构 （ rotamers ;多套坐标侧链原子） 。 候补侧链结构现象在PDB中相当普遍。
    • 5HVP ， 1AL4有候补侧链构象。
C. 列表例子

经验Protein Explorer表明，它是很容易通过在列表上移动鼠标找到任何序列号，并以插槽形式观看一些报告。 这是插槽出现在蛋白质开发中，当残基27插入代码为A，是达到的顺序列表下面的例子中， 1QKZ链:

这一报告的插槽将立即放在的序列表上。因此，这不重要的是，一个残基的序列号很明显从检查的序列表本身突出出来。 事实上，保持列和行的相关性和序列号并不总是可行的，因为有一些作者使用异常序列号（见上面列出的例子） 。 下面列表中，残基被分为三组，每行10 。 然而，列表可能起始于< 1 或> 1?，因此第1行不必编号在1到30之间。 在下面的例子中，它包括残基编号为1 - 27C（ 1-27加27A ， 27B，27C） 。

FirstGlance的合适列表格式
1QKZ链
评论 
L NIVMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLV
L HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYTVSNRF
L SGVPDLRFSG SGSGTDFTLK ISRVEAEDLG
L VYFCSQSTHF P-1-TFGGGTKL EIKRADAA
L PTVSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPK
L DINVKWKIDGKE RQNGVLNSWT DQdskDST
L YSMSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTST
L SPIVKSFNRNE
 
<插入在 ...SSQSLVHSNGN... (27, 27A, 27B, ...)


<编码的间距： ...FP-TF...  （ P95肽结合到T97)

<物理的间距：残基没有相关”下游"

绿色反映了颜色分配给链L。其他颜色的设计也被应用（见下文） 。

上述列表缺乏序列微混杂和非标准残基的例子。举例来说，看到以上一些项目有关这些议题。

上述列表主要用单一的颜色强调插入，编号的空白，和物理间距，这些可以被鉴别，而无需使用颜色。因此，颜色可应用于列表来鉴别其他特点。 以下是蛋白资源管理器中的两个Seq3D列表（用一个稍微不同的格式而不是采用FirstGlance的格式 ）说明两个许多可能使用的颜色。
蛋白质资源管理Seq3D快照解释颜色的使用
 


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