• 大多数问题列在下面显示为... 在FGiJ已纠正在FGiJ显示的“异常处理”修改为命令脚本（ scripts.js 。又见notes.htm) 。预计这些异常处理修改在Jmol已经升级到处理如下记录问题后将被移除。
• 这些 FG中的替代的结果显示为如下褐色。
• Jmol处理一些不寻常情况被认为是 可以接受的 。

注1 ：标准的残留物是用Atom记录，当Jmol 有时缺乏原子，不被视为蛋白：

• THR918在1H3O中缺乏所有原子除N以外 ！ （注470 ） 2 N的可评为“非（蛋白质，杂原子） ” 。
• GLY5 ： C在1B07中缺乏O （注470 ） 。 GLU2 ， VAL3 ， ARG11 （所有链C）缺乏侧链原子（注470 ） ，但被认为是蛋白质。
• VAL1等在1AL4中似乎完好无损（氮，CA，碳，氧，侧链） ？ ？ ？
• MET79 ： M在1UC5中缺乏O （注470 ）

注3 ：FG表明这些点为“反常原子” 。 见进一步讨论见notes.htm#anomalous

其他检测的PDB:

• 1EHZ:就像是1EVV有许多水合钼配体，和许多非标准的残留物。 确定在FGiJ 。
• 1NEK: 2 个钙不是在一个链，被认为是在表格中1TCO内的蛋白质。 对于 1JSA 也是同样的。
• 1PRC:  ALA333 ：C视为非蛋白,失踪原子没有在注470 ;许多其他配体确定在FGiJ 。
• 1C4S: ASG， GCU （ 碳水化合物 ，一些硫酸）和Na ; 没有蛋白质 。 确定在FGiJ 。
• 1IGT:1IGT ： GAL，MAN，FUC，NAG蛋白糖基化。 确定在FGiJ
• 1C8R:LI1,SQU,RET,确定在FGiJ 。
• 1AOI:核小体，大量的DNA和蛋白质，没有NSR。 锰显示为配体。 确定在FGiJ 。
• 1EMB: 绿色荧光蛋白） ，CRO处理作为配体。 确定在FGiJ 。
• 1VCX:所有的水是ＤＯＤ。 Jmol正确选择它作为水，氘的着色为“其他” ，而不是白色。

RasMol和Ｃｈｉｍｅ分裂所有原子为原子（蛋白质，核酸）或HETATM （杂原子） 。 杂原子进一步细分为溶剂（水/ＨＯＨ，ＤＯＤ，和无机硫酸盐和磷酸盐）与所有非溶剂被归入了“配体” 。 没有HETATM可以为蛋白质或核酸。 所有的原子都为（蛋白质，核酸）或杂原子;而不是没有原子。

在Jmol（蛋白质，核酸）允许包括HETATM，以满足某些标准。这使得杂原子非标准残基（ＮＳＲ）被列入骨架轨迹，并排除在“配体”外 ，这是可取的。 它还允许选择ＮＳＲ与“ （杂原子和（蛋白质，核酸） ） ” [当ＰＤＢ文件的作者指定了整个ＮＳＲ作为HETATM ，如1BKX ，但在当主链部分指定为原子则不能，如在1APM ] 。 能够从配体中区分ＮＳＲ是可取的。

在一些PDB档案，Jmol认为一些“孤立”原子既非（蛋白质，核酸），也不是杂原子，特别是在标准氨基酸缺乏通常的原子（ 1TCO ）时 。 这似乎是可以接受的，因为这种原子可以被选择“非（蛋白质，核酸，杂原子） ”所检测 。

Jmol中改变的建议

1. 钙（相对于所有其他金属原子我所提到的）目前认为蛋白质。 此错误需要纠正。
2. 如果某样是（蛋白质，核酸） ，它同样不能是配体。 （正如在序言中所述，在RasMol和Ｃｈｉｍｅ中，这些都是相互排斥的，这似乎是一件好事。 ）这一变化从配体消除ＮＳＲ，使我们能够从NSR显示中排除配体。这一变化似乎可取，虽然这里没有上述至关重要的范例（但就是因为我还没有在FGiJ中使用配体的选择） 。 在FG中 ，NSR选择“ （蛋白质，核酸）和杂原子” ;配体选择“非（蛋白质，核酸，水） ” 。
3. 任何原子属于一个Atom （非HETATM ）组 ， 还有一个标准的氨基酸或核苷酸名称可以为（蛋白质，核酸） ，除非它没有主链原子。 （这将是的非PDB格式的原子有一个标准的残基名称 ， 并且为HETATM 。 ）这一变化纠正在1B07和1UC5中目前错误认为标准残基为蛋白。 [ 之所以VAL1在1AL4中 ，和4个标准氨基酸在2SOC中 ，和Cys在1GRH中被视为非蛋白，我们是不清楚的。 没有失踪的主链原子。]正如其他在本文件中，事实是THR918.N在1H3O中缺乏除N外是有足够的理由Jmol不认可这些 N的“蛋白质” 。
4. 也许有必要允许两个不同的残基在同一链具有相同的号码，但有不同的特点。一个例子是MYR1和GLY1在1JSA中 （见注2 ） 。 另一个是1DPO ，这在位置184， 188 ，和221拥有两种不同的氨基酸而无插入代码。 这可能是非常罕见的，可能是非法的PDB格式？
5.  918.N在1H3O中显示为氧采用CPK颜色，并在悬停报告中也是一样（不会显示在以上表格） 。 此错误需要纠正。