通过FirstGlance in Jmol主页选中相应高级选项，或在在URL末添加&cif=1，即可载入CIF格式文件。

黑字为JMOL 10.00.48版测试结果
紫字为JMOL 10.00.60版测试结果
所有测试均在签名版Jmol执行。

如果你有其它观察结果，或能解释CIF相关问题，请给martz@microbio.umass.edu 发邮件。

在CIF文件中，似乎不存在HETERO这样可用于选定分子特定部分的术语。

多模型的NMR文件: FirstGlance in Jmol会显示CIF文件中的所有模型，但只显示PDB文件中的模型1。（“所有模型”命令会显示CIF及PDB文件中所有的模型。） pickCallback 忽略模型编号。
 

PDB码	分子链	配体颜色	配体名称与行为
1d66	在PDB中DNA为C链、D链；在CIF中DNA为A链、B链 在PDB中蛋白质为A链、B链；在CIF中蛋白质为C链、D链 两者的链分别都为蓝色、绿色和黄色。但是PDB中的品红色在CIF中为粉红色。 链名及着色都正确。	CIF中的Cd显示为灰色而PDB中的Cd 显示为粉橙色。 Cd 颜色正确。	Cd就是Cd HOH是CD，不能隐藏!
2hhd	相同的ID与着色 分子链正确 0号链所有水分子（HOH)均缺链名。	CIF中的铁显示为绿色而PDB中的铁 显示为橙色。 铁元素颜色正确。
1igt	分子链正确。 分子链正确。	碳水化合物正确；碳水化合物正确	用CIF文件时所有配体名称都是NAG。 PDB中的岩藻糖、甘露糖、半乳糖， 在CIF中全成了NAG。 同样错误.
1pgb	二级结构缺失。未名的蛋白质链被当作0号链，绿色。	没有	HOH正确
1bkx	只显示蛋白（链A）。象PDB文件一样， 核苷的RNA链在卡通+配体情况下仍不显示。. 同上。	PDB中非标准残基的链色更深，这种情况未见于 CIF。  同上。	PDB与CIF中非标准残基都被选为蛋白质。 同上。
1lcd	CIF中Na指定到D链，而非本来应属于的A、B、C链。PDB中Na没有指定链。 PDB中蛋白为A链，CIF 中蛋白为C链。 PDB中DNA为B、C链，CIF 中DNA为A、B链。) 链正确，但在A链的卡通视图中不能pickCallback 。	CIF中Na蓝色，而PDB中为紫色。 Na颜色正确。	pickCallback与选定时，所有水分子 被当作Na 而非"sodium"。 水分子着色正确。	当只应显示模型1 时仍显示所有模型。 只显示模型1。