对以下问题FirstGlance in Jmol没有权宜的解决方案


1. 在切片模式下， 悬停和点选时Jmol报告不正确的原子识别 。在点选模式下（如邻接分析..、隐藏..），FirstGlance in Jmol切片失效，拒绝确定选定的原子；当切片模式开启时，悬停失效。
2. 元素错误。 在1H3O结构文件中，苏氨酸918 缺失除氮原子外的所有原子。因此，Jmol既不把它归入蛋白质，也不把它作为杂原子。根据CPK配色方案，Jmol把苏氨酸918的氮原子误作氧原子，悬停时返回的报告也的确如此。
3. Jmol无法处理同一链同一序号却有两个不同残基（没有插入代码）的PDB文件。
   • 1JSA只有一条未名链，始于MYR1 （ HETATM ），然后是GLY1 （ATOM） 。 Jmol误认为MYR1属于蛋白质，并把这两个残基的名称都当作MYR 。 “select myr”命令也会选上甘氨酸原子。 “select myr not hetero”命令才只选择了第一位的甘氨酸原子。 “select myr and gly ”命令啥也选择不到 。
4. 在极少数情况下， Jmol无法连接某些残基的原子。又见异常原子。
• 对于1AL4 ， Jmol无法连接许多残基的侧链原子，包括所有色氨酸、所有缬氨酸和两个丙氨酸（都是L-氨基酸） 。但是，它能连接D-亮氨酸（DLE）、D-缬氨酸（DVA）等D-氨基酸的侧链原子 。
• 2SOC与此类似。它有一条链，8个氨基酸残基，其中3个是非标准的，2个是D-立体异构体。 Jmol能连接非标准残基的，但无法连接其中的半胱氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、苏氨酸。
• 1GRH只有两个残基，半胱氨酸（ATOM）及血红素C（HETATM）。 Jmol无法连接半胱氨酸的主链原子，但可连接其侧链原子以及血红素C（HEC）的原子。
5. 在极少数情况下，Jmol不能把有些标准氨基酸（含有所有主链原子）识别为蛋白质的一部分。这些残基的主链不被绘出，这是一个不能权宜解决的问题。FirstGlance in Jmol在所有α碳原子位置放置同样大小的球以显示主链，而“非蛋白”的标准氨基酸残基显示为较小的浮球。此外，FirstGlance in Jmol已有权宜代码，可将所有标准氨基酸当作蛋白质的一部分（见scripts.js文件的proteinSpt代码 ） 。
   • 对于1AL4 ， Jmol不把VAL1 、 ILE1A 、 GLY2和ALA3认作蛋白质的一部分 。这些残基含有所有主链原子，但主链不能绘出。请注意，ILE1A实际是微异质性的VAL1（SEQRES记录中ILE1缺如） 。在藤蔓模式下，FirstGlance in Jmol在所有α碳原子位置放置同样大小的球以显示主链，而“非蛋白”的标准氨基酸残基显示为较小的浮球。
   • 2SOC与此类似。它有一条链，8个氨基酸残基，其中3个是非标准的，2个是D-立体异构体。 Jmol不把半胱氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、苏氨酸 当作蛋白质的一部分。
   • 1GRH 中，半胱氨酸（见前述条目）没有被当作蛋白质。
6. 核酸卡通视图绘制有错（？）或非常奇怪。戊糖总是通过嘧啶碱基（C、T、U）的1号氮原子或嘌呤碱基（A、 G）的9号氮原子成键。但在卡通视图中，茎杆通过嘧啶碱基（C、T、U）的6号碳原子或嘌呤碱基（A、 G）的8号碳原子与主链相连。当然，该碳原子的确是离勾勒出主链的磷原子最近的。
7. 1VCX含有重水DOD。它在Jmol中正确显示为“水” 。它是否含有氘蛋白？是的，但你不能告诉Jmol因为“氘”未定义（在Chime中也没定义）。Jmol将氘报告为元素Xx、原子1D或2D并以未知类型配色。在PDB文件中，记载为D，位置在元素列。
8. CIF：有一些严重的缺陷，见Jmol释读CIF文件。

 

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对以下问题FirstGlance in Jmol确有权宜的解决方案：

1. 基团名称A、T、G、C在大小写时均正常工作。但u仅在小写时正常工作。权宜解决代码见 jcontrol.js文件的doFind（） 。
   
   
2. “选择蛋白”命令的结果中也包括了钙。权宜解决方案： 见scripts.js中的proteinSpt定义 。
   
   
3. 在脚本执行完成之前出现部分完成的图片，就像中途做了个“刷新”。例如，隐藏所有链，然后让它们一一重现。10.2版比10.00.48更糟糕 。这个问题似乎断断续续 。
   
   
4. 缺陷还是特色？您可以选择1，点；然后选择2 ，可在不失去1的点的情况下增加更多的点 。但是，如果你限制1 ，您失去了2的点 。此外，如果您选中1然后“关闭点” ，你会失去一和二的点。 "select none; dots off"，隐藏所有的点。
   
   
5. 对Jmol的 10.2版 （而不是在10.00.48版 ） 来说，1D16 （未名的DNA单链与水） 默认显示氢键；143D （未名的DNA单链，但作为杂原子）不会，如1D66、104D、1LCD、1EVV等未名DNA或RNA链也不会 。我并没有把“ hbonds off”放在FirstGlance in Jmol代码中，因为默认显示氢键十分罕见。我倒想知道其它例子中是否有这种情况。