大的PDB文件:一目了然(基于Jmol 10.00.46)测试结果

 
PDB 文件
分子
原子
基团
兆字节
模型
一目了然
(FG in Jmol)
蛋白浏览器
( Protein Explorer, MDL Chime)
1FFK
核糖体
64K
6.5K
5.5
1
通过
 
1ZLL
受磷蛋白五聚体
90K
5.2K
7.3
20 NMR
通过
 
1JJ2
核糖体
98K
14.7K
8.4
1
通过
 
3EZB
磷酸转移酶复合物
213K
14K
17
40 NMR
失败*
50秒后正常显示
(含数据下载用时)
1HTQ
谷氨酰胺合成酶
979K
178K
81
10 XRC
失败*
4.25分钟后正常显示
(含数据下载用时)

结论:Jmol能够载入绝大多数已发表PDB文件。截止2005年10月,PDB数据库中只有约30个文件大于1JJ2(感谢以色列雷霍沃特魏茨曼研究院生物计算与生物信息部Jaime Prilusky提供的信息)。PDB数据库中收录的结构超过30,000条,对Jmol而言,只有不到千分之一的结构过于庞大。

* 失败:Jmol方框空白状(没有“Jmol”标志),网络连接停止后处于空白状态超过5分钟。测试条件Windows XP SP1、3 GHz、512 M内存。

在PDB文件中,每个模型最多可能拥有的原子数为99,999 (100K) 。这是因为文件中用于存储原子编号的列数只有5列。由于1HTQ有10个模型,所以它的大小约为单个模型极限的10倍。