The April 4, 2014 release offers the following new features: (Click here to download this version of the data )

The core data of the MimoDB database are mimotope sets and related information such as sequences, structures, targets, templates and libraries. Peptides are grouped into a mimotope set if they are from the same independent experiment. In the current release, 22,078 peptides grouped into 2,405 sets are collected from 1,143 published papers. Among the 22,078 peptides in MimoDB, 19,610 peptides appear only in one mimotope set; however, there are 963 peptides appearing in two or more mimotope sets for 2,468 times in total.


Mimotope:


Table 1: Mimotope set distribution based on experimental method

Experimental method            Number of mimotope set
     Phage display (common panning)                            1598            
      Phage display (subtractive panning)                            393            
       Phage display (competitive panning)                            164            
        Phage display (in vivo)                            127            
      Phage display (subtractive panning, in vivo)                            9            
Phage display (subtractive panning, competitive panning)               49            
         mRNA display (common panning)                            13            
           mRNA display (subtractive panning)                            5            
          mRNA display (competitive panning)                            6            
         Ribosome display (common panning)                            4            
       Ribosome display (subtractive panning)                            2            
           Ribosome display (competitive panning)                            3            
            Bacterial display (common panning)                            16            
               Bacterial display (subtractive panning)                            4            
                Bacterial display (competitive panning)                             5            
          Yeast display (common panning)                    7   



Target:


There are 1448 different targets in the current version of MimoDB. Besides 114 target with undetermined sources and 135 targets with no sources (such as cellulose, polystyrene, microplate, etc.), most of the targets are from Homo sapiens (Human) and Mus musculus (Mouse). The source of some targets are a hybrid of two ore more species.


Table 1: Target distribution based on target type

               Target type                         Number of target            
                Organ and tissue                            87            
                Cell                            149            
                Virus                            16            
                Protein>Monoclonal antibody                            421            
                Protein>Polyclonal antibody                            128            
                Protein>Receptor                            61            
                Protein>Enzyme                            82            
                Protein>Others                            305            
                Nucleic acids                            13            
                Organic molecules or materials                            46            
                Inorganic molecules or materials                            94            
                Miscellaneous                 46   


Table 2: Target distribution based on target source

Target source                     Number of target            
Homo sapiens (Human)                       461            
Mus musculus (Mouse)                       417            
Others                       321            
 Unknown                       114            
None                  135       


Template:


For most of the peptides in the MimoDB database, their templates are not or even can not be determined. Thus, there are only 461 templates identified.


Table 1: Template distribution based on template type

       Template type                      Number of template            
 Cell                            9            
Virus                            18            
                Protein>Monoclonal antibody                            5            
                Protein>Polyclonal antibody                            2            
                Protein>Receptor                            32            
                Protein>Enzyme                            33            
                Protein>Others                            306            
                Nucleic acids                            2            
                Organic molecules or materials                            46            
                Inorganic molecules or materials                            4            
                Miscellaneous                  3 


Table 2: Template distribution based on template source

Template source            Number of template            
Homo sapiens (Human)                            175            
Mus musculus (Mouse)                            15            
    Others                            224            
       Unknown                            34            
  None                 13


Structure:


Table 1: Complex structure and related mimotope sets

          Complex            Target-template            Target-peptide        In Total   
     Structure numbers                214                            36               250   
Related mimotope sets                  163                            10               173* 
          Related targets                   65                            8                  73*  
         Related templates                59                            6                 65*

    * There is one mimotope set (984), with which both target-template structure and target-mimotope structure have been solved.

     

Library:


In the current version of the MimoDB database, there are 401 phage libraries or library pools.


Table 1: Library distribution based on randomness

Library randomness                      Number of library            
Completely random                         276            
Semi-random                 125   


Table 2: Library distribution based on topology

Library topology                         Number of library            
  Linear                            235            
Circular                            133            
            Mixture(linear, circular)                 33