一目了然(FirstGlance in Jmol)
的采用与
改编
情况
采用情况
以下生物信息学资源使用了
一目了然
来显示
特定分子
。它们大多简单地链接到http://firstglance.jmol.org,从而避免了在自己的服务器上安装
一目了然
。而
镜像站点
则在其自己的服务器上安装了装
一目了然
。
期刊
《分子生物系统》(Molecular BioSystems)
:
皇家化学会(英国伦敦)
旗下专业期刊。创刊于2005年,关注化学与“组学”及系统生物学的交叉领域。
《自然—结构和分子生物学》(Nature Structural and Molecular Biology)
: 月刊,总编辑部位位于纽约(美国新泽西州),主要报道新解析的大分子结构。根据
大分子报道百强期刊
,在蛋白质结构数据库(Protein Data Bank)中,《自然—结构和分子生物学》发表的条目数量排名第六。2006年2月,
一目了然
在《自然—结构和分子生物学》杂志首次亮相;《自然—结构和分子生物学》为此在当期杂志中专门刊出社论
《我们生活在三维世界中》
。
结构生物信息学服务器
以色列特拉维夫大学的
ConSurf服务器
:根据进化的保守性对蛋白质三维结构进行着色,有助于确定蛋白质表面的功能区域。
美国俄亥俄州立大学的
膜蛋白数据库
:为穿膜、膜周、锚着的膜蛋白提供了强大的搜索功能;同时提供统计信息,包括总的、不相关、家族等各种数据(译者注:该数据库已移到爱尔兰,新网址
http://www.mpdb.ul.ie
)。
以色列魏茨曼科学院生物信息学与生物计算组的
OCA服务器
:为蛋白质结构数据库提供了一个功能强大的搜索界面,为初学者提供了
PDB Lite
;在几个洲为
一目了然
提供了
镜像站点
。
美国密歇根大学的
膜蛋白取向Orientations of Proteins in Membranes (OPM)数据库
:
给PDB文件添加几层“假原子”来代表脂双层表面,提供相对于脂双层碳氢核的疏水厚度、膜蛋白取向等可视化服务。
欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)
的
可能四级结构(Probable Quaternary Structure, PQS)
服务器
:可判断是否因结晶相邻(crystal contacts)而导致非对称结构单元中存在多个单体或寡聚体,并可为其提供坐标数据。
更多
。
一目了然
内提供了PQS链接,在“
查看更多..
.”后。
改编情况
当访问以下站点时,我们推荐使用弹出窗口阻止软件:
蛋白一瞥
是受“一目了然”启发的麦金塔电脑的窗口小部件。
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